1990年4月，与原著小说无关的女神转生Ⅱ，于FC平台上发售，仍旧是由Atlus开发，Namco发售。这部作品加入了开发者冈田耕史的奇思，建构出了迥异于其他RPG的世界观与特色，不但是以荒废于核战的未来东京市为舞台，描述破坏与再生，并且不再是站在传统善与恶二维观念来描述神与恶魔的对立，更大胆的去试图颠覆了神的正当性。女神转生Ⅱ堪称是奠下女神转生系列故事核心及世界观的一部作品，女神转生系列的基本架构及系统，在女神转生Ⅱ皆已具雏形。而此作开始，主要登场人物及恶魔的造型设定，也改由金子一马开始负责。